Instalar RStan

Si bien los pasos a continuación pueden funcionar con múltiples versiones de R, en esta guía se asume que se tiene instalado R 4.3.3, RTools 4.3 y RStudio (aunque este último no sea estrictamente necesario).

No se recomienda utilizar las versiones 4.0, 4.1 y 4.2 de R para trabajar con RStan en Windows debido a la cantidad de problemas que han reportado en el pasado.

Previo a instalar RStan, se debe verificar que RTools se encuentra instalado y R tiene acceso al mismo. Una forma de verificarlo es ejecutando Sys.which("make"), como se explica en Instalar RTools.

Dado que RTools funciona en el sistema, instalar RStan es tan sencillo como correr install.packages("rstan").

Comienza un proceso de descarga de dependencias (ya compiladas):

y luego se instalan y verifican las mismas:

Una vez finalizado este proceso, se puede ejecutar library("rstan"). Es de esperar que aparezcan varios mensajes, pero no hay que alarmarse ya que suelen ser a modo informativo. Lo más relevante son las versiones de RStan y Stan.

Finalmente, la mejor forma de determinar si RStan funciona correctamente es obteniendo muestras de un posterior. En las capturas debajo se utiliza el siguiente bloque de código:

library("rstan")

N <- 20
y <- 4

model_beta1_stan <- "
data {
  int N;     
  int Y; 
}
parameters {
  real<lower=0, upper=1> pi;
}
model {
  pi ~ beta(2,2); // prior
  Y ~ binomial(N, pi);  // likelihood
}"

model_beta1 <- stan_model(model_code = model_beta1_stan)

data_list <- list(Y = y, N = N)

model_beta1_fit <- sampling(
  object = model_beta1, 
  data = data_list, 
  chains = 2, 
  iter = 500,
  warmup = 100
)

En el caso de que RStan haya funcionado correctamente, los mensajes en la consola serán similares a los que se muestran a continuación:

Si se quiere obtener más información sobre la instalación de RStan se puede consultar la wiki del repositorio de RStan o el foro de Stan donde se discuten múltiples temas.